消灭虚空之后，本以为迷你大陆从此一片祥和，谁知有一天，天空突然下起了沙子，众人询问桶亩父亲之后，发现是某个沙漠区域出了问题，此去沙漠，一路也是凶险万分，各种怪物把关，洞悲洞喜和他们的朋友再次踏上征程。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
