故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
小咖自从认识了善于飞行的神气咖宝伙伴，更具自信、责任感和使命感，他敢于带领咖宝们...
稻叶夕士（阿部敦配音）是刚刚考入了东条商校就读的一年级男生，因为童年时代的不幸遭遇，稻叶一直以来都寄宿在亲戚的家中，过着寄人篱下的生活。如今，考上了寄宿制的高中，稻叶对未来自由的生活充满了憧憬。 稻叶搬进了名为寿庄的公寓里，让他没有想到的是，这并不是一间普通的公寓，而是妖怪和人类混居的妖怪公寓，稻叶的房东，就是一只外表如同黑色企鹅一般的妖怪。克服了刚开始的恐惧心理，稻叶开始了和妖怪们的同居生活，随着时间的推移，稻叶发现这些外表诡异的妖怪们，实际上拥有着善良的内心。它们的存在渐渐治愈了稻叶心中的伤痕。
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东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
