毒液和埃迪（汤姆·哈迪TomHardy饰）迎来至暗时刻。一边是人类神秘组织的穷追猛打，一边是外星共生体大军入侵地球，他们一心同体，花式解锁海陆空作战新形态。面对两边的疯狂追捕，这对亡命搭档将被迫做出毁灭性决定，为他们的最后一舞拉下帷幕。
一家机器人公司与一名腐败的中情局特工联手，试图为自己定位，以赢得一份利润丰厚的军事合同。他们非法空投了4个机器人原型到臭名昭著的老挝、柬埔寨和泰国之间的金三角地带，对毫无戒心的毒枭进行现场实地测试，这是全世界永远不会错过的。其中一个机器人在空投中受损，机器人技术团队在它变得自知之明时失去了对它的控制，成为一个势不可挡的杀人机器。
进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高饰）、神谷薫（武井咲饰）、明神弥彦（大八木凯斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴…… 本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。
