该剧故事发生的年代为明崇祯十七年、清顺元年(即公元1644年)，至南明永历十六年，清康熙元年(即公元1662年)。李自成进北京逼崇祯皇帝煤山自缢，吴三桂为报家伊引清兵入关，清军长驱直入，明王朝因此危亡。李自成称大顺皇帝，张献忠称大西帝,顺治在多尔衮孝庄进京后称帝,在这特殊时期里,谁主沉浮？剧情由此展开.
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明末年间贪官污吏横行,民不聊生。公元1644年春正月,李自成的大顺军乘胜向明王朝的国都北京挺进；张献忠的起义军深入湖广！与此同时,偏居关外的满清摄政王多尔衮，在孝庄太后的授意下，率兵乘虚而入,逼近山海关，杀气腾腾.
面临内忧外患，崇祯皇帝急召吴三桂入京,临危受命,北御强敌，南卫京师,但事败垂成.多尔衮利用李自成副帅刘宗敏抢夺陈圆圆，策反吴三桂，使得清军兵不血刃,长驱直入,多尔衮辅佐清廷幼君福临在北京登基，建年号为顺治元年.
然而，中原的官民面对满清入关定鼎同仇敌忾，纷纷拥戴旧明皇室成员，抗清复明。老桂王之子朱田榔在文武百官和李自成李献忠旧部的推戴下，在广东肇庆行宫登基，史称“南明”；率先引动全国的抗清复明之势；南京福王被史可法等立为监国新君。福建唐王在郑成功父子的拥戴下，形成呼应之势，共襄北伐.
为平息遍布中华的抗清复明烈火,多尔衮派遣西王吴三桂、定南王孔有德、敬谨亲王尼堪率领三路大军南下清剿,就在这时多尔衮劳累身亡。鳌拜手握大权,作威作福。中华大地，狼烟滚滚，试问天下，谁主沉浮？
