魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!?由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
在一个电闪雷鸣的日子里，身陷囹圄的一只耳成功越狱，引起黑猫警长的高度重视。次日一早，崇拜黑猫警长的小猪三嘟被伙伴大壮拉走，偷偷进入了即将开幕的翡翠之星博物馆。博物馆的前身是一座宇宙飞船，六十年前由羊山博士亲手开发。正当他们玩得不亦乐乎的时候，两个小家伙突然看见了鬼鬼祟祟的一只耳以及一个身材魁梧穷凶极恶的邪恶之人。这个家伙声称曾遭羊山博士背叛，当得知羊山博士已经去世的消息，他一腔怒火无处宣泄。狡猾的一只耳怂恿对方将复仇对象转移到全城人们，等后天博物馆开幕之际将市民全部绑架。 三嘟趁乱夺走了一只耳手中的能量块，而黑猫警长即将面临前所未有的大挑战……
大头儿子（刘纯燕配音）尽管聪明懂事，却到底只是个孩子，无法克制内心里爱玩的冲动，耽误了学业，将这一切看在眼里的围裙妈妈（鞠萍配音）十分焦急，不知该如何是好。某日，小头爸爸（董浩配音）在偶然之中遇见了一位名叫王博士（林永健配音）的神秘人物，王博士发起了名为“一日成才”的行动，声称能在极短的时间内制造天才。 望子成龙的围裙妈妈决定将大头儿子送到王博士处进行“改造”，而事情的结果也令她感到十分满意，然而，随着时间的推移，大头儿子身上开始慢慢浮现种种弊端，与此同时，王博士一手策划的阴谋亦渐渐浮出了水面。
坎特拉高中这次将与死对头－水晶预备高校（CrystalPrepAcademy）进行一场学校间的‘友谊竞赛’，但SunsetShimmer与朋友们却发现人类世界的TwilightSparkle竟是水晶预备高校的学生，过去熟悉的同伴，这一次成了竞争对手，而且她们发现，TwilightSparkle身上似乎有个天大的秘密......
故事发生在二十一世纪初年，一场浩大的灾难让“生府”取代了原有政府，成为了国家最高领导组织。经过死亡的洗礼，人们开始格外重视生命的重要性，于是，政务在居民们体内植入了“WatchMe”设备，以检测和介入他们的健康状况，这也就意味着，身体不再是属于个人的所有物，而是被列入了国家管理的范畴，自杀更是无可饶恕的重罪。 雾慧图安（泽城美雪配音）、御冷弥迦（上田丽奈配音）和零下堂吉安（洲崎绫配音）是三位对现存制度产生了疑虑的少女，在弥迦的带领下，她们准备自杀以挑战制度，可是最终弥迦死了，计划失败。一晃眼多年过去，雾慧和吉安重逢，与此同时，全国各地发生了数千起集体自杀的案件，而这背后的真相和弥迦当年的死有着千丝万缕的关联。
